在發酵過程中，操作方式分為連續發酵、分批發酵和補料分批發酵三種。三種方式各有優勢。
 
一、什么是連續發酵、分批發酵和補料分批發酵
連續發酵：指以一定速度將新的培養液加入發酵罐內，同時也會以同等速度流出罐內原有發酵液，以此來維持恒發酵液體積不變。
分批發酵：在發酵中，加入酸堿液來調節罐液pH值或向罐內通入氣體，不與外界進行物料交換。
補料分批發酵：發酵過程中間接性向罐內補充物料，但與分批發酵不同的是，這種方式不會放出罐內原有液體，所以發酵液體積會不斷增加。
 
二、發酵罐連續發酵、分批發酵和補料分批發酵的優缺點
(1) 連續發酵
優點：滅菌次數少，保護設備使用壽命和提高產量，無發酵適應期，且發酵中的各參數值較為穩定，便于自動控制。
缺點：對補料設備精準性要求高，營養物質的利用率低于分批發酵，發酵周期長，染菌可能性增加
 
(2) 分批發酵
優點：發酵操作簡單，能充分利用罐內營養物質，產物濃度高，對于染菌情況能很快解決。
缺點：生產周期短，生產效率低，且對于各人力物力消耗太大。
 
(3) 補料分批發酵
優點：可以控制解決菌種變異和染菌問題；對培養中底物抑制、產物反饋抑制以及葡萄糖的分解阻遏效應有解除作用；可以避免一次性補糖過多導致細胞大量生長，耗氧過多，通風設備不匹配；某種程度上降低微生物細胞生長量，提高目標產物的轉化率
缺點：操作復雜，對于補料中無菌要求高，否則極易染菌；補料受罐體容積限制。